Uprava granične policije, kao organizaciona jedinica Direkcije policije u sedištu Ministarstva, jeste jedinstvena, centralizovana i hijerarhijski organizovana na centralnom, regionalnom i lokalnom nivou.

Organizaciona struktura

 Uprava granične policije u svom sastavu ima sledeće organizacione jedinice:

• Odeljenje za granicu koga čine:
  • Odsek za granične provere u drumskom saobraćaju
  • Odsek za granične provere u rečnom, železničkom i vazdušnom saobraćaju,
  • Odsek za nadzor granice,
  • Odsek za upravno postupanje u graničnim poslovima.

• Odeljenje za strance koga čine:
  • Odsek za privremeni boravak i stalno nastanjenje,
  • Odsek za vize,
  • Odsek za kontrolu preduzetih mera prema strancima,
  • Odsek za prihvat i smeštaj stranaca (Prihvatilišta za strance u Padinskoj Skeli, Plandištu i Dimitrovgradu)
• Odeljenje za suzbijanje prekograničnog kriminala i iregularnih migracija koga čine:
  • Odsek za suzbijanje prekograničnog kriminala,
  • Odsek za suzbijanje iregularnih migracija,
  • Odsek za suzbijanje zpoupotrebe putnih i drugih dokumenata,
  • Odsek za operativne poslove.
• Odeljenje za poslove prekogranične saradnje
• Kancelarija za azil koju čine:
  • Odsek za utvrđivanje prava na azil,
  • Odsek za prikupljanje i dokumentovanje podataka o zemljama porekla.

• Odeljenje za integrisano upravljanje granicom i analizu rizika koga čine:
  • Odsek za integrisano upravljanje granicom,
  • Odsek za analizu rizika.
• Odeljenje za policijske veštine i operativnu podršku koga čine:
  • Odsek za policijske veštine,
  • Odsek za operativnu podršku,
  • Odsek za operativnu primenu specijalne tehnike,
  • Odsek za profesionalne standarde.
• Regionalni centri granične policije prema susednim državama i unutrašnje granične prelaze:
  • Regionalni centar granične policije prema Hrvatskoj – Novi Sad,
  • Regionalni centar granične policije prema Mađarskoj – Subotica,
  • Regionalni centar granične policije prema Rumuniji – Vršac,
  • Regionalni centar granične policije prema Bugarskoj – Dimitrovgrad,
  • Regionalni centar granične policije prema Makedoniji – Preševo,
  • Regionalni centar granične policije prema Crnoj Gori – Priboj,
  • Regionalni centar granične policije prema Bosni i Hercegovini – Užice,
  • Regionalni centar granične policije za unutrašnje granične prelaze - Beograd (Stanica granične policije Beograd, Stanica granične policije Niš - Aerodrom i Stanica granične policije Kraljevo).

U skladu s nadležnostima, Uprava granične policije osigurava svakodnevnu radnu povezanost i punu koordinaciju sa regionalnim centrima i stanicama granične policije na terenu, ostalim linijama rada u okviru MUP-a Republike Srbije, kao i drugim državnim organima i institucijama, obavljajući poslove: graničnih provera u drumskom, rečnom, železničkom i vazdušnom saobraćaju; nadzora državne granice;  suzbijanja prekograničnog kriminala i iregularnih migracija; integrisanog upravljanja granicom; analize rizika; prekogranične saradnje; kontrole  kretanja  i boravka  stranaca; azila;  obuke, kontrole zakonitosti u radu i  logistike.

U skladu sa potrebama koje se odnose na jačanje i dalje unapređenje međunarodne policijske saradnje  sa susednim zemljama, od strane Uprave granične policije sprovode se permanentne aktivnosti u okviru zajedničkih kontakt službi (centara/ kancelarija). Navedene aktivnosti se realizuju na osnovu  Konvencije o policijskoj saradnji u jugoistočnoj Evropi (Beč 2006) ili bileteralnih sporazuma o policijskoj saradnji. U dosadašnjem periodu  uspostavljene su zajedničke kontakt službe (centri/kancelarije) sa sledeći susednim zemljama, i to prema:

• Makedoniji - zajednički kontakt centar Tabanovce - Preševo,
• Bugarskoj - zajednički kontakt centar Kalotina - Gradina,
• Mađarskoj - zajednički kontakt centar Reske - Horgoš,
• Hrvatskoj - zajednička kontakt služba Bajakovo - Batrovci,
• Bosni i Hercegovini i Crnoj Gori - trilateralni zajednički kontakt centar Trebinje,
• Rumuniji - zajednička kontakt kancelarija Portile de Fier 1 - Đerdap 1.

Uprava granične policije u skladu sa Zakonom o policiji, Zakonom o graničnoj kontroli i ostalim propisima, kao i na osnovu međunarodnih ugovora, obavlja poslove međunarodne saradnje, učestvuje u pripremi propisa, analiza, izveštaja i informacija za nadležne organe Republike Srbije, kao i druge organe i organizacije.